Helgeåns avrinningsområde är cirka 4725 km2 stort och därmed ett av de största i södra Sverige. Området sträcker sig över 13 kommuner i Skåne, Kronobergs och Jönköpings län. Källflödena ligger i trakterna kring Rydaholm nordväst om Alvesta. Ån rinner därifrån söderut genom Älmhult, Osby, Hässleholm och Kristianstad för att sedan mynna i Hanöbukten söder om Åhus.
Avrinningsområdets norra delar består till största delen av skogs- och myrmarker medan jordbruksmark dominerar från Torsebro och söderut. I de södra delarna finns stora våtmarksområden som hyser ett rikt fågelliv. Inom avrinningsområdet finns 14 sjöar och 16 vattendrag utpekade som nationellt eller regionalt värdefulla. Det finns även 64 Natura 2000-områden varav 14 har bildats tack vare sina höga naturvärden i vattnet.